Il resoconto dettagliato della consacrazione della Cattedrale riporta un resoconto dei vetri colorati di St Mary’s quando è stata aperta nel 1857. Le tre finestre sopra l’altare maggiore, le cinque finestre lanceolate inferiori (San Kieran, San Canice, Nostra Signora, San Giovanni e la scena della Crocifissione), la finestra sulla facciata est sopra la porta d’ingresso sono tutti documentati come esistenti quando la Cattedrale è stata consacrata il 4 ottobre 1857. Erano anche in loco le finestre nelle cappelle laterali: la Cappella di Nostra Signora e la Cappella di San Giuseppe.

Ci sono sei finestre singole nell’abside, a sinistra ea destra. Le figure dei profeti sono raffigurate da Earley e Powell di Upper Camden Street, Dublino, che erano l’unica azienda del genere nel paese negli anni 1880. Anche la finestra nel transetto nord è opera di Earley e Powell, commissionata da Daniel Cullen in memoria di sua moglie Anastasia.